HRD是一个有前景的泛癌种生物标志物，可以提示PARP抑制剂和铂类药物的治疗疗效，在近些年引起了广泛的关注。前两讲中我们介绍了HRD定义，表现形式和临床应用现状和进展，作为本系列最后一讲，我们将详细介绍HRD检测方法。
HRD临床检测方法
HRD会产生特定的、可量化的、稳定的基因组改变，其中包含可被鉴别的基因突变、插入/缺失模式，以及染色体结构异常、基因拷贝数变异等，这也是当前构建HRD临床检测方法的理论基础[1]。
目前，主要可以通过两个层面对肿瘤HRD状态进行评估[2]：
1、寻“因”——HRR相关基因突变检测
BRCA1/2是HRR通路的关键基因，BRCA1/2基因致病性突变是引起HRD最明确的原因。除BRCA1/2基因外，其他HRR相关基因（如ATM、BARD1、BRIP1、CDK12、CHEK1、CHEK2、FANCL、PALB2、RAD51B、RAD51C、RAD51D等）致病性突变也可能引起HRD。因此，通过检测BRCA1/2及其他HRR相关基因的胚系和/或体细胞突变可以从“原因”的角度间接评估肿瘤HRD状态。
但该检测方法具有一定的局限性。除HRR相关基因突变外，HRR相关基因表观遗传失活及其他未知因素也可导致肿瘤HRD，单纯检测HRR相关基因突变对HRD评估不够全面，会遗漏一部分可能从PARP抑制剂治疗中获益的患者。
HRR通路涉及多个基因，且HRR基因缺乏热点突变，因此国内外多采用二代测序（NGS）技术进行HRR基因突变检测，检测类型包括点突变、插入/缺失、拷贝变异等[3]；
2、溯“果”——基因组瘢痕分析
当发生HRD时，DNA双链损伤无法被完整修复，将以一些特定且可识别的方式在基因组上留下痕迹，称之为“基因组瘢痕” （Genomic Scar，GS）。因此，通过检测这些可量化的基因组痕迹可以从“结果”的角度反向推断肿瘤HRD状态。
HRD引起的基因组瘢痕GS主要包括三种表现形式：杂合性缺失（LOH）、端粒等位基因不平衡（TAI）及大片段迁移（LST），三者综合计算得到的HRD评分（HRD score）能够更全面反映基因组瘢痕情况，从而评估肿瘤HRD状态。
基于SNP的基因组瘢痕分析是当前最具应用前景的HRD临床检测方法，可以检测出包含HRR相关基因表观遗传失活和其他未知因素造成的HRD，对HRD评估更为全面。HRD基因组瘢痕检测可采用芯片或NGS平台，当前大多已从芯片平台转移至NGS平台。
一般采用NGS技术对细胞内单核苷酸多态性位点（SNP）进行检测，并通过生信算法计算得出HRD评分[4]。SNP位点的选择应注意把握两个要点：一是位点的分布需相对均匀，以避免某些区域出现未覆盖的情况；二是需要尽可能地覆盖更多的杂合位点。
HRD临床检测方法
HRD检测产品及判读标准
目前，获得FDA批准的两款HRD检测产品是Myriad myChoice® CDx和FoundationFocus™ CDx BRCA LOH。这两款产品均以BRCA 1/2基因致病性突变联合基于SNP的基因组瘢痕检测来评估肿瘤HRD状态，满足以下任一条件（BRCA1/2胚系和/或体细胞突变阳性，或HRD评分超过设定阈值）则判断为HRD阳性。具体如下：
1、BRCA1/2突变阳性判定标准[5]：
根据ACMG（美国医学遗传学和基因组学学院）相关指南将胚系突变分为“致病的”、“可能致病的”、“意义不明确的”、“可能良性的”和“良性的”五个等级。只有检出“致病的”及“可能致病的”的BRCA1/2胚系突变才被判定为BRCA1/2胚系突变阳性；
此外，基于AMP/ASCO/CAP指南及Oncokb等数据库将体细胞突变分为四个等级：I级，具有明确临床意义；II级，具有潜在临床意义；III级，临床意义未明；IV级，良性或可能良性。只有检出I级和II级的BRCA1/2体细胞突变才被判定为BRCA1/2体细胞突变阳性。
2、基因组瘢痕状态阳性判定标准：
Myriad myChoice® CDx综合计算LOH、TAI和LST这3个指标得出HRD评分，≥42分即为基因组不稳定状态阳性；
FoundationFocusTM CDx BRCA LOH计算发生LOH的片段占整个基因组的比例，LOH占比≥16%即为“高LOH”。
FDA已获批HRD检测产品
上述两款基于高加索人群SNP位点开发的HRD试剂盒能否适用于中国人群？目前尚未有大样本前瞻性临床研究数据的支持。此外，相应Panel设计应符合我国人群的分子遗传学特征。因此，亟待推动开发和临床验证更符合中国人群分子遗传学特征的HRD检测试剂盒[6]。
世和基因HRD检测
世和基因HRD检测产品采用NGS技术进行BRCA1/2及其他HRR相关基因突变检测，同时通过检测LOH、LST和TAI这3个指标计算HRD评分，综合判断患者肿瘤HRD状态，为临床使用PARP抑制剂治疗提供可靠的指导。
世和基因HRD检测产品详情
世和基因HRD检测产品三大优势
BRCA1/2及其他HRR相关基因突变检测样本为肿瘤组织，外周血/胸腹水等ctDNA类样本均可，建议提供患者配对外周血样本作为非肿瘤对照样本，这有助于了解胚系BRCA1/2 和HRR基因突变情况。
HRD检测样本为肿瘤组织，分为甲醛固定石蜡包埋组织和新鲜组织，建议优先选择石蜡样本，肿瘤细胞含量建议大于30%。建议提供患者配对外周血样本作为非肿瘤对照样本，这有助于了解胚系BRCA1/2 和HRR基因突变情况，也有助于HRD评分时进行倍性矫正。
目前临床实践主要通过综合评估包括BRCA1/2在内的HRR基因突变，和基于LOH、LST和TAI计算的HRD评分，来评估肿瘤的HRD状态。在实际的临床工作中，由于HRR通路的复杂性、不同癌种HRD阈值可能存在差异等问题，对肿瘤HRD实现标准化的精准评估仍任重道远。但HRD检测处于快速发展中，未来的临床应用前景值得期待。
参考文献
[1] 中国抗癌协会肿瘤标志专业委员会遗传性肿瘤标志物协作组, et al., 同源重组修复缺陷临床检测与应用专家共识(2021版). 中国癌症防治杂志 2021年13卷4期 329-338页, 2021.
[2] Miller, R.E., et al., ESMO recommendations on predictive biomarker testing for homologous recombination deficiency and PARP inhibitor benefit in ovarian cancer. Annals of Oncology, 2020.
[3] BRCA数据解读中国专家共识编写组, BRCA数据解读中国专家共识. 中华病理学杂志, 2017. 46(5): p. 5.
[4] 二代测序临床报告解读肿瘤学专家组, 肿瘤二代测序临床报告解读共识. 循证医学, 2022(002): p. 022.
[5] 中华医学会病理学分会, 国家病理质控中心. BRCA1/2数据解读中国专家共识(2021版)[J]. 中华病理学杂志, 2021, 50(6):565-571.
[6] 鹿欣, et al., 卵巢癌PARP抑制剂临床应用指南. 中国医学前沿杂志（电子版）, 2020. v.12(05): p. 34-42.
作者：Lucy 审核：小鱼 排版：Moro
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