国内首个前瞻性多中心大样本MET扩增NGS及FISH对比研究结果公布

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MET扩增是非小细胞肺癌（NSCLC）的致癌驱动基因变异，同时也是EGFR-TKI的获得性耐药机制之一。初诊患者发生率约1-5%^[1]，局晚期NSCLC患者EGFR-TKI耐药后，约有5-50%会发生MET扩增。NGS技术在MET扩增中的应用已经得到临床广泛认可，但仍然缺乏与金标准荧光原位杂交（FISH）检测的前瞻性大样本验证结果。

四川大学华西医院王威亚教授团队与世和基因合作开展了国内首个前瞻性、多中心、大样本MET扩增对比研究，在世和一号^®大Panel检测的基础上，进一步通过世和自主研发的MET分析算法，实现了MET扩增结果的GCN转化，并同步区分MET局部扩增和多体，检测结果与金标准FISH高度一致。研究成果已于近日发表在了Lung Cancer ^[2]上。

研究设计

本研究共纳入116例EGFR-TKI治疗耐药患者的组织样本，进行世和一号^®大Panel和FISH检测。其中34例经过1,2-代EGFR-TKI治疗，82例经过3代EGFR-TKI治疗。

FISH检测，MET扩增阳性定义为MET GCN≥5或MET/CEP≥2.0，MET局部（focal）扩增定义为MET GCN≥5且MET/CEP≥2.0；MET多体（polysomy）扩增定义为MET GCN≥5且MET/CEP<2.0。

诊断性能计算时，组织和血浆均分为2个亚组，一组将MET局部扩增和多体都判断为MET扩增阳性，一组仅将MET局部扩增判断为MET扩增阳性。以FISH检测结果作为参照，计算四个亚组中NGS和FISH检测的一致性（OPA）、灵敏度（PPA）和特异性（NPA）。同时通过ROC曲线优化NGS检测最佳阈值，以特异性>90%选择最佳灵敏度确认阈值。

图1. 研究设计流程图

研究结果

所有患者，FISH检测MET扩增阳性率37.1%（43/116）。1,2-代EGFR-TKI耐药后阳性率23.5%（8/34），3代EGFR-TKI耐药后阳性率42.7%（35/82），与既往文献报道一致。3代EGFR-TKI耐药后22.0%（18/82）的患者MET GCN≥10个拷贝。

NGS和FISH平行检测116例患者组织样本。根据临床阈值GCN≥5的结果，MET局部扩增检测的一致性为90.72%。通过生信算法及ROC曲线优化，确定NGS最佳阈值为GCN≥6.55，优化后可排除多体检出的干扰。

表1. 组织NGS和FISH检测对比结果

1,2-代EGFR-TKI耐药后以FISH GCN≥5.0作为阳性判断标准，3代EGFR-TKI耐药后以FISH GCN≥10.0作为阳性判断标准。通过生信算法及ROC曲线优化，以特异性>90%及有最高检测一致性可能确定最佳阈值。1,2-代EGFR-TKI最佳阈值GCN≥4.0，3代EGFR-TKI最佳阈值GCN≥7.535。相比合并1,2,3-代EGFR-TKI计算，两组一致性均超过91%，灵敏度增加30%-45%。

表2. 相比原始阈值，使用最佳阈值的NGS诊断性能

临床价值

1. 本研究是国内首个前瞻性、多中心、大样本的MET准确性验证。研究结果证实，NGS检测MET局部扩增结果与FISH高度吻合。

2. 研究聚焦临床真实应用场景，前瞻性收样，EGFR-TKI治疗耐药后更容易发生MET扩增，入组患者100%经过EGFR-TKI治疗，数据均来源于临床真实世界，循证级别更高。

3. 研究发现，优化后NGS最佳阈值GCN≥6.55可排除多体检出的干扰。进一步区分1,2-代EGFR-TKI及3代EGFR-TKI后，分别确定最佳检测阈值，能获得更好的检测性能。提示临床实践中，检测前需要综合考虑临床治疗特征，以更好地匹配检测方法及判断标准。

4. 研究通过生信算法及ROC曲线优化，以特异性>90%及有最高检测一致性可能确定最佳阈值，极大改善了检测一致性和灵敏度，证明了NGS是MET扩增检测的有效补充手段，为NSCLC临床检测方法的选择提供了高级别循证依据。

参考文献