【AACR 2024】口头报告：世和基因13项研究助力肿瘤全周期精准治疗

2024年第115届美国癌症研究协会（AACR）年会于当地时间4月5日至10日在圣地亚哥盛大召开，汇集了肿瘤领域众多前沿研究成果和创新进展。本次盛会，世和基因2项研究成果入选口头报告（Mini Oral）、11项入选壁报（Poster）。这13项研究基于多组学技术，对多癌种早筛、MRD技术创新与应用、ctDNA液体活检多场景临床应用以及多组学生物标志物探究进行了全方位探索。尤其是在多癌种早筛和MRD研究方面取得了突破性进展。

世和基因MERCURY多组学技术助力多癌种早期筛查

研究亮点：

基于世和基因MERCURY多组学技术分析3076名不同病理类型癌症患者和3477名健康对照受试者血浆cfDNA片段组学特征，随机分为训练集和内部验证集构建多癌种早期筛查（multi-cancer early detection，MCED）测试模型和组织溯源（tissue of origin，TOO）模型，并前瞻性招募1465名受试者作为独立验证集对MCED测试性能进行验证。

研究结果：

1. 基于MECURY多组学技术构建的MECD测试模型在内部验证集和独立验证集中均展现出优秀的预测性能，敏感性分别达到0.865和0.874，特异性分别为0.989和0.978；

2. MECD测试的敏感性随着肿瘤分期的增加呈递增趋势，I-IV期肿瘤的敏感性分别是0.793、0.869、0.924和0.971；

3. 在独立验证集中，该测试最高组织来源TOO预测准确性达到83.5%，最高两个组织来源预测准确性达到91.7%；

4. 该MECD测试性能将在多癌种早筛大规模自然人群前瞻性多中心研究“金陵队列”中进一步验证（NCT06011694）。

Mini Oral：24-A-8046-AACR

研究亮点：

多癌种早筛大规模自然人群前瞻性多中心研究金陵队列中期结果发布，该研究旨在评估世和基因自主研发MERCURY技术在多癌种早期筛查方面的诊断性能，以及肿瘤组织溯源中的准确性、有效性和临床实用性等。

研究结果：

1. 截止2023年9月，共有3724名受试者可纳入分析，29名受试者确诊癌症，89.7%确诊患者为I或II期早期癌症；

2. MERCURY技术检测到癌症信号的灵敏度为55.2%，在无癌症受试者中的特异性为97.9%；

3. 组织溯源方面，预测最高组织来源的准确性为64.3%，预测最高两个组织来源的准确性为85.7%；

4. 基于MERCURY技术的多癌种筛查对于无症状人群的早期癌症筛查具有显著应用潜力，可能改变预防性医疗并改善患者预后。

多组学生物标志物探究

研究亮点：

回顾性分析了55例接受化疗联合免疫治疗和转化治疗的腹膜转移胃癌患者基线肿瘤样本的基因突变和免疫特征，并建立转化治疗的预测模型。

研究结果：

1. 腹膜转移的胃癌患者化疗联合免疫治疗ORR为41.8%，72.8%患者经转化治疗后获得手术R0切除，接受转化治疗联合手术的患者OS显著优于未手术者（mOS，no reached vs 7.82m）

2. 对化疗联合免疫治疗响应的患者具有ERBB2、ERBB3高频突变、CTLA4、HLA-DQB1高表达、CD8 T细胞浸润以及CDH1低频突变、CD4 T细胞低浸润的特征；

3. 联合CDH1、ERBB3突变、HLA-DQB1表达量、CD4 T细胞浸润构建转化治疗联合预测模型，AUC达0.918，且外部独立验证队列AUC达0.785。

Poster：24-A-1491-AACR

研究亮点：

基于WES分析72例未经治疗的肺腺癌患者肿瘤组织样本的突变图谱，并纳入TCGA外部队列，根据病理淋巴结转移状态对患者的突变特征进行对比分析，探索转移驱动突变特征与总生存期之间的相关性。

研究结果：

1. 72例患者中，41例确诊为病理淋巴结转移阳性（pN阳性），31例被归类为pN阴性；

2. KEAP1-NRF2通路突变在pN阴性患者中显著富集，染色体X7p_amp和EGFR扩增在pN阳性患者中显著富集，这两个扩增在研究队列和外部数据集中均与更差的OS相关；

3. pN阳性患者较pN阴性患者，染色体不稳定评分（CIS）更高、肿瘤突变负荷（TMB）更低。

Poster：24-A-1529-AACR

研究亮点：

建立了一种靶向RNA测序技术（targeted RNA sequencing panel，PANCARNA）检测基因融合的方法，在39例多种癌症类型且已知融合变异状态的FFPE样本中评估该方法的检测性能，并进一步探究靶向RNA测序分析相关基因表达谱的可行性。

研究结果：

1. 采用正交实验法，靶向RNA-seq测序检测融合基因的阳性一致性为97.0%，阴性一致性为100%，总体一致性为97.4%；

2. 重复性实验中，PANCARNA检测的重复性和重现性均为100%；

3. 该方法检测EML4-ALK、CD74-ROS1、TPM-NTRK1以及SLC34A2-BRAF的最低检出限为0.5-1个拷贝/ng RNA，MET ex14跳读最低检出限为1-2个拷贝/ng RNA；

4. 该方法检测ERBB2、EGFR以及MET的表达量与免疫组化的结果高度一致，灵敏度分别为96.2%、100%以及94.7%。

Poster：24-A-1606-AACR

研究亮点：

应用WES、RNA-seq、单细胞RNA-seq以及TCR测序技术，分析40名食管鳞癌（ESCC）患者新辅助免疫化疗（NICT）治疗前和治疗后组织样本的分子特征，探索ESCC患者NICT治疗疗效相关生物标志物。

研究结果：

1. 根据NICT病理响应情况将患者分为响应组和非响应组，非响应组患者新辅助治疗前TNF相关的凋亡-诱导配体（TRAIL）显著高于响应组，与T细胞增殖和TCR扩增负相关；

2. 功能性共培养和T细胞毒性实验显示，TRAIL+肿瘤细胞介导T细胞抑制、引起CD8+T细胞功能紊乱；

3. TRAIL表达与更差的DFS和OS相关，但这种相关性在TCGA数据库中接受手术治疗的ESCC队列中未得到验证，显示TRAIL表达是ESCC新辅助免疫联合化疗疗效的特异性标志物；在接受NICT治疗的ESCC患者的外部验证队列中，多变量Cox回归分析表明TRAIL高表达是NICT治疗的独立不良危险因素；

4. 相比于PD-L1表达，TRAIL表达预测NICT治疗响应的性能更优，AUC分别为0.607和0.886（p<0.001）。

Poster：24-A-2119-AACR

研究亮点：

基于NGS技术，回顾性分析21名不可手术食管鳞癌患者的基线突变特征、基线和治疗后血浆ctDNA突变以及TCR图谱变化。

研究结果：

1. 相比于基线，治疗后ctDNA检出率显著下降，治疗后ctDNA阳性与更差的局部RFS、PFS相关，与OS未见显著相关性；

2. 治疗后，TCR克隆性显著增加，包括CD3多样性、TCR克隆型以及VJ基因组合显著增加，这提示治疗后T细胞的增殖和复杂性；

3. 鉴定了4个治疗后下降的VJ重排组合（(Vβ12-2Jβ2-4、Vβ6-9Jβ1-5、Vβ6-7Jβ1-5、Vβ6-9Jβ1-1)）与更差的PFS相关。

Poster：24-A-3191-AACR

研究亮点：

基于靶向DNA测序、RNA-seq、mIHC技术，分析125名接受一线免疫联合化疗的晚期胆道肿瘤患者基线分子特征及其与治疗响应、PFS和OS的相关性。

研究结果：

1. 晚期胆道肿瘤患者接受一线免疫联合化疗中位PFS为6.9个月，中位OS为11.8个月；

2. TP53、BRCA2、细胞因子基因突变以及高TMB与治疗响应显著相关；

3. KRAS G12D突变、ARID1A功能失活突变与更差的生存相关，而CXCL9或CTLA4高表达与更好的生存相关，因此不携带KRAS G12C、ARID1A失活突变、并且CXCL9或CTLA4高表达的分型患者生存预后最好；

4. CXCL9高表达与免疫检查点CTLA4、PD-L1、PD-1以及肿瘤微环境免疫活性升高显著相关。

Poster：24-A-4626-AACR

研究亮点：

对101例含微乳头成分的肺腺癌样本进行显微切割分为微乳头成分（MIP） 和非微乳头成分（non-MIP），分别进行RNA-seq和WES，并纳入外部不含微乳头成分的肺腺癌数据，分析对比三者的图谱差异。

研究结果：

1. 在DNA层面，MIP组和non-MIP组显示出相似的突变图谱，但转录组层面，MIP组PRB4表达升高、细胞周期通路上调、自然杀伤细胞介导的细胞毒性降低；

2. 与不含微乳头成分的肺腺癌相比，MIP组富集了18个与细胞增殖上调、免疫通路下调相关的基因突变，包括EGFR突变、EGFR扩增和 CDKN2A/CDKN2B缺失等；

3. 转化机制方面，97.8%患者的MIP成分和non-MIP成分具有共有基因，显示它们具有共同的起源；

4. 结合差异基因表达和Cox分析，鉴定出5个基因（GALNT4、MIAT、FOSL1、LAT2、SMN2）的高表达是微乳头肺腺癌的不良复发因子。

ctDNA-MRD技术创新与应用

研究亮点：

世和基因自主研发的术宁Ultra™2365基因泛癌种定制化MRD Panel，在有组织的条件下，表现出非常好的临床应用性能。前瞻性肺癌和肠癌临床验证数据显示，多点动态监测的MRD检测灵敏度高达85.7%-90.9%。但实际临床应用中，有相当一部分患者无法获得足够的组织标本用于MRD检测。针对无组织标本的患者，世和基因开发的创新性算法adaptive noise cancellation approach，通过融入大样本量的白细胞、健康人的cfDNA和检测同批次患者的血浆样本作为背景噪音进行过滤，进一步提高了MRD检测灵敏度。在有组织和无组织两种场景下，MRD检测的一致性为90.5%-92.6%，展现出极高的临床适用性。

研究结果：

1. 基于术宁Ultra™2365基因泛癌种定制化MRD Panel，对39例肺癌患者（14例复发，25例未复发）共计63份术后血浆样本进行分析，分别模拟有组织和无组织两种临床应用场景中MRD检测性能。其中在有组织条件下，多点动态监测（longitudinal）的灵敏度和特异性分别是85.7%和92.0%，术后7天内（landmark）检测的灵敏度和特异性分别是57.1% 和100%，ctDNA阳性患者较ctDNA阴性患者复发风险均显著增加（HR=20.7；HR=16.2）。同时，在无组织条件下，多点动态监测和术后7天MRD分析也表现出良好的性能，ctDNA阳性患者较ctDNA阴性患者复发风险分别增加12.7倍、12.3倍（HR=12.7；HR=12.3）。有组织和无组织两种条件下判定肺癌患者术后血浆MRD状态一致性达90.5%。

2. 基于术宁Ultra™2365基因泛癌种定制化MRD Panel，对52名肠癌患者（11复发，41名未复发）术后多个时间点的108份血浆样本进行MRD分析。其中有组织条件下，多点动态监测和术后7天ctDNA检测的灵敏度分别为90.9%和66.7%，特异性为97.6%和100%；无组织条件下，多点动态监测的灵敏度和特异性分别为90.9%和92.7%，阴性预测值为97.4%，ctDNA阳性患者较ctDNA阴性患者复发风险增加49倍（HR=49.0）。有组织和无组织两种条件下判定肠癌患者术后血浆MRD状态一致性达到92.6%。

3. 肺癌和肠癌两项MRD研究结果显示，术宁Ultra™2365基因泛癌种定制化MRD Panel，能够高效、低成本、准确判定MRD状态，且在有组织和无组织两种临床应用场景中都表现出优秀的检测性能，临床适用性广。

Poster：24-A-2476-AACR

研究亮点：

采用世和基因术宁™MRD检测产品，分析71例接受新辅助免疫联合化疗（NICT）的食管鳞癌（ESCC）患者的ctDNA状态和T细胞免疫组库（TCR）克隆性，并结合PET/CT检查，建立ESCC新辅助治疗病理缓解（pCR）预测模型。

研究结果：

1. 新辅助治疗后的SUVmax、ctDNA阳性以及TCR克隆性预测ESCC患者pCR的AUC分别是0.784、0.739和0.682；

2. 整合以上三个特征的联合模型，预测ESCC患者NICT治疗pCR的AUC为0.918、准确性为0.768、灵敏度为1、特异性为0.705，显示了良好的预测性能。