普通真核有参转录组测序

普通真核有参转录组测序（mRNA-seq）

高通量建库测序

转录组广义上指某个物种或特定细胞在某一生理条件下产生的所有RNA，包括信使RNA（mRNA）、核糖体RNA（rRNA）、转运 RNA（tRNA）及非编码RNA（Non-coding RNA）等，狭义上指所有mRNA的集合。转录组测序（Transcriptome sequencing）即是利用高通量测序平台快速全面获得某一物种在某一状态下特定组织或细胞中几乎所有的转录本序列，可以在基因序列结构（可变剪接及融合基因预测）水平和基因表达水平两个方面进行研究。在人类疾病研究、动植物个体发育、逆境胁迫及分子育种中有广泛的应用。

技术流程

Total RNA样本
文库构建
文库质检
上机测序
数据分析

技术参数

推荐数据量	测序读长	测序平台	标准分析周期
6G Cleandata	PE 150	Illumina NovaSeq 6000	21个工作日（仅建库测序10个工作日）

样品要求

样品类型	Total RNA、细胞、组织等
样本总量	≥ 2ug，浓度≥100ng/ul
样本质量	OD260/280 值在 1.8-2.0 之间，RIN ≥ 7，5S 峰正常，干冰邮寄

标准分析内容

1.原始数据统计：数据统计及GC含量分布检查
2.数据质控：低质量数据过滤
3.与参考基因组比对：比对结果统计及Reads在染色体和基因组分布统计
4.测序数据评估：样品基因整体表达水平分析；生物学重复样品相关性分析
5.基因序列结构分析：可变剪接分析
6.基因表达量统计
7.基因差异表达分析：差异基因筛选；差异基因聚类分析；样品间差异基因维恩图绘制（5个以下）
8.差异基因功能注释：差异基因GO富集分析；差异基因KEGG富集分析；差异基因pathway注释
9.差异基因的蛋白调控网络分析

结果展示

数据质控