全基因组重测序 - 世和基因

全基因组重测序（WGS）

高通量建库测序

全基因组重测序（Whole genome re-sequencing）是对已知基因组序列物种的不同个体或群体进行基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行全基因组水平差异性分析，可以全面挖掘基因序列差异和结构变异。全基因组重测序通过序列比对，可找到大量的单核苷酸多态性位点（SNP）、插入缺失位点（InDel，Insertion/Deletion）、结构变异位点（SV，Structure Variation）位点和拷贝数变异位点（CNV，copy number variation)。全基因组重测序广泛应用于变异检测、遗传图谱构建、功能基因挖掘、群体进化、品种选育等研究领域。

技术流程

DNA样本
文库构建
文库质检
上机测序
数据分析

技术参数

推荐数据量	测序读长	测序平台	标准分析周期
30X	PE 150	Illumina NovaSeq 6000	21个工作日（仅建库测序10个工作日）

样品要求

样品类型	DNA、血液、组织、细胞等
样本总量	DNA≥200ng；cfDNA≥50ng
样本质量	OD260/280在1.8-2.0之间，DNA无污染、无降解

标准分析内容

1.原始数据质控：低质量数据过滤
2.与参考基因组比对：测序深度及覆盖度统计
3.变异检测及注释（针对癌症研究提供此项分析）：

a.Germline SNV/Indel 、SV、CNV鉴别与注释（肿瘤成对样品的聚类分析）

b.Somatic SNV/Indel 、SV、CNV鉴别与注释（CDS非同义突变分析）

4.变异检测及注释：SNP/Indel 、SV、CNV鉴别与注释（非癌症研究类提供此项分析）

经典案例一560例乳腺癌患者肿瘤特有突变WGS全景分析

乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤之一。已有研究表明，乳腺癌的发生与部分基因突变有关，本研究对560个乳腺癌患者进行全基因组重测序以进一步了解驱动突变在肿瘤无限增长中的影响及体细胞突变的全景。研究发现有93个编码蛋白的癌症基因携带可能的驱动突变。此外，部分非编码区显示高突变频率，且大部分都包含特殊结构，推测这种特殊结构可能是造成非编码区较高突变率的原因。最后，针对基因组重组进行突变信号分析并检测到6个重组信号：其中，3个重组信号中包含串联重复和缺失，且与有缺陷的同源重组的DNA修复有关，其中1个是有缺陷的BRCA1功能，其余的有BRCA1和BRCA2功能。本研究针对外显子、内含子、基因间区的体细胞突变的检测描绘了癌症基因组的全景，增加了对乳腺癌个体碱基变异的综合认识。

重组信号分析