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染色质免疫共沉淀测序（CHIP-seq）
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染色质免疫共沉淀测序（CHIP-seq）

高通量建库测序

染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。ChIP-Seq即是将ChIP与高通量测序技术相结合，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，对其进行高通量测序并通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。
技术流程
  • DNA样本
  • 文库构建
  • 文库质检
  • 上机测序
  • 数据分析
技术参数
推荐数据量 测序读长 测序平台 标准分析周期
20M Reads PE 150 Illumina NovaSeq 6000 21个工作日
样品要求
样品类型 ChIP后DNA
样本总量 ChIP DNA≥50ng
样本质量 OD260/280在1.8-2.0之间，DNA无污染、无降解
标准分析内容
1.测序结果质控与过滤
2.序列比对及相关比对结果统计
3.peak calling：
 a.peak结果展示
 b.peak结果统计
 c.peak可视化
4.peak区域相关基因注释分析：
 a.peak区域注释结果展示
 b.peak注释结果统计
5.motif分析
6.差异peak分析
7.差异peak区域相关基因的GO和pathway分析
8.Super enhancer分析及对Super-enhancers (SEs)相关基因注释

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