2024年度美国医学遗传学与基因组学会(ACMG)年会于3月12日-16日在加拿大多伦多盛大开幕。世和基因将在本届年会上以壁报形式发布两项研究成果,这两项研究聚焦液体活检技术,探讨了ctDNA在血液恶性肿瘤遗传学诊疗中的重要价值和应用潜力。
值得一提的是,其中一项研究(编号:P065)入选了全球仅20个名额的“精选壁报速览(rapid fire poster session)”专题,获得大会官方高度认可,研究者受邀在大会进行先期演讲,展示研究精华部分。
血浆ctDNA在非DLBCL的NHL诊断和监测中行之有效
研究一
The Clinical Utility of Plasma Circulating Tumor DNA in the Diagnosis and Disease Surveillance in non-DLBCL non-Hodgkin’s Lymphomas(编号:P065)
汇报时间:北京时间3月15日00:00-00:30
研究内容:
研究共纳入203例非弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)型非霍奇金性淋巴瘤(NHL)患者,包括87例滤泡性淋巴瘤(FL)、64例套细胞淋巴瘤(MCL)、30例慢性淋巴细胞白血病/小淋巴细胞性淋巴瘤(CLL/SLL)和22例边缘区淋巴瘤(MZL)患者,收集血浆及配对组织样本。研究采用世和基因血默胜D™大Panel进行全面的基因组分析,结合患者临床数据纵向分析血浆ctDNA与治疗响应的相关性,同时比较了13名CLL/SLL患者血浆与白细胞样本的突变检出率。
研究结果:
1. 血浆与组织突变检出高度一致:在不同淋巴瘤亚型中,血浆ctDNA与组织活检在检测肿瘤功能性突变方面表现出高度的一致性(FL:87.4%,κ=0.61;MCL:93.8%,κ=0.83;CLL/SLL:93.3%,κ=0.87;MZL:81.8%,κ=0.59),ctDNA活检在检测复杂基因融合方面也展示出独特的优势,与组织活检的一致性高达91.1%(FL)和91. 3%(MCL);
2. ctDNA变化与治疗响应相关:ctDNA清除与患者临床完全缓解相关,且ctDNA的升高通常早于影像学检查发现的疾病复发;
3.血浆检出更多突变:在CLL/SLL亚型中,血浆ctDNA相较于其配对的白细胞样本,能够检测出更多的突变,这表明相比白细胞,血浆更适合作为肿瘤组织样本的替代。
世和血默胜D™大Panel检测血液恶性肿瘤性能优异
研究二
Analytical Validation of a Comprehensive Targeted DNA Sequencing Panel for Hematologic Malignancies(编号:P718)
研究内容:
为确定世和基因血默胜D™大Panel对单核苷酸变异(SNV)和插入缺失(indel)的检测限(LoD),研究在12个FFPE样本和11个血浆样本中进行验证分析,在14个连续稀释样本中验证结构变异(SV)的LoD,并在30个FFPE样本中进行准确性和可重复性验证分析(每一样本进行三次测试),此外还在22个样本中对SV检测结果进行FISH验证。肿瘤组织、cfDNA以及阴性对照样本测序深度分别要求≥1000X、≥5000X,以及≥200X。本研究全面验证了世和基因血默胜D™大Panel的准确性和可重复性。
研究结果:
1. 样本LoD确定:对于热点变异,FFPE样本中位LoD为0.66%,血浆样本为0.53%。SV的LoD则因基因而异,并以肿瘤纯度衡量,如ALK融合在血浆样本中的LoD为0.4%肿瘤纯度,而在FFPE样本中则为5%;ABL1融合的LoD在两种样本中的肿瘤纯度分别为0.7%和5%;
2. 准确性分析:检测AF≥2%的SNV和indel中,血默胜D™大Panel与全外显子测序(WES)一致性可达99.7%,SV检出结果与FISH结果的一致性高达90%。且血默胜D™大Panel具有高度的可重复性,对于AF≥2%的变异,批次内敏感性为95.92%,阳性预测值(PPV)为95.09%;批次间敏感性为93.88%,PPV为96.12%;
3. 临床应用:血默胜D™大Panel区分6种DLBCL分子亚型的准确率高达89.1%。已发表研究显示,血默胜D™大Panel在FISH检测阴性的样本中成功检测到关键的CCND3融合事件,从而准确诊断出一例慢性MCL。此外,血默胜D™大Panel通过监测ctDNA中AF的动态变化来评估治疗效果,较传统的PET-CT检查具有更高的灵敏度。
结语
综上,两项研究展示了世和基因血默胜D™大Panel在检测血液淋巴系统肿瘤方面的卓越性能,同时进一步证实了血浆ctDNA液体活检在血液肿瘤遗传学诊疗中的重要价值和应用潜力。