2021年，国家卫生健康委临床检验中心（NCCL）首次对全国范围共103家医学检验实验室的全外显子测序（WES）进行了室间质量评价。2022年2月，NCCL公布了《2021年全国临床和科研实验室全外显子测序室间质量评价预研结果报告》，在优秀率不足10%，而不合格率达三分之二的严格评价预研标准下，世和医学检验实验室获得“优秀实验室”证书！检测结果与官方预期一致，彰显了世和基因在WES测序湿实验到干实验等各个环节的综合实力。
图一 外显子测序NCCL室间质量评价预研结果报告
检测的可重复性和准确性是评价实验室检测能力的重要方面。重复性评价使用每份3份重复样本，将重复样本检测结果的交集数除以检测结果的并集数计算得到一致性比值；将4份重复样本的一致性比值取均值作为该实验室的重复性评价参数。而准确性评价关注实验室检测范围与高置信区域的交集中，高置信变异结果集中变异的检出情况，统计真阳性变异（与高置信变异结果集一致）、假阳性变异（不在高置信变异集合中）及假阴性变异（未检测到高置信变异），并据此计算准确率、召回率以及F1-score的均值作为准确性评价参数。最终仅重复性和准确性评价均达到前25%才可视为优秀实验室。
全外显子测序（WES）主要覆盖范围人类基因组的全部外显子部分，在遗传性疾病、罕见或复杂疾病的机理、肿瘤免疫治疗、以及基因组学特征等临床实践及科学探索方面都有着广泛的应用。本次室间质评是NCCL首次对全国医学检验实验室WES检测进行的质量评估，是对湿实验的操作、质控，到干实验的序列比对、变异检测等各项关键流程的综合评价。评估的主要内容包括结果有效性、BED区域大小、总体检测重复性、以及SNV及Indel检出的准确性和可重复性。
在本次质评邀请的103家实验室中，共按时回收89家实验室的结果，其中有3家BED区域不满足全外显子检测区域要求（<35.86Mb），2家分析结果文件格式不符合要求且未及时修改，最终统计了84份有效结果。最终成绩评价公布了优秀实验室8家 ，合格实验室20家，而有56家实验室未能通过WES质评，可见质评要求的严格程度。
表一 外显子测序NCCL室间质量评价全国实验室PT成绩情况
检测的可重复性和准确性是评价实验室检测能力的重要方面。重复性评价使用每份3份重复样本，将重复样本检测结果的交集数除以检测结果的并集数计算得到一致性比值；将4份重复样本的一致性比值取均值作为该实验室的重复性评价参数。而准确性评价关注实验室检测范围与高置信区域的交集中，高置信变异结果集中变异的检出情况，统计真阳性变异（与高置信变异结果集一致）、假阳性变异（不在高置信变异集合中）及假阴性变异（未检测到高置信变异），并据此计算准确率、召回率以及F1-score的均值作为准确性评价参数。最终仅重复性和准确性评价均达到前25%才可视为优秀实验室。
图二 各实验室检测可重复性（Y轴）及准确性（X轴）判定情况（仅绿色框中的实验室重复性和准确性均满足优秀实验室标准）
本次质评过程中发现，部分实验室仍然存在比较严重的重复性错误（12%的实验室重复性参数低于0.65）。多数实验室的问题主要集中于Indel部分的检出，重复性和准确性结果都不尽人意。分析发现，其中主要的假阳性突变来自湿实验操作失误而引入的文库污染 、insert size不够、测序覆盖不均匀等问题，以及变异过滤阈值太过宽松；主要的假阴性突变则由于变异过滤阈值过于严格，或测序深度不够。综合来看，这些结果也反映出WES在准确分析Indel的难度和挑战较大。
图三 各单位Indel检测准确性评价结果
世和基因受邀参与NCCL组织的首次全国WES检测室间质评活动，并完美达到各项评估实验室检测标准。无论是检测的可重复性，还是SNV和Indel检测的准确性都交出了完美的答卷，这是对世和基因的实验流程及生信计算分析能力的极大肯定。在现有软件无法平衡满足突变准确检出的情况下，世和基因基于多年的样本数据累积，加之自主研发并持续优化的强大生信算法，为全方位的临床及科研服务保驾护航。
世和基因致力于肿瘤精准医疗、伴随诊断及临床转化研究，为医院提供一站式NGS解决方案；中国独角兽企业
NGS及液体活检实验室获CAP / CLIA / ISO15189三重国际认证，197次通过国家卫健委临检中心室间质评
公司核心技术人员参与发表以及公司参与临床研究项目发表SCI论文共420多篇，总影响因子(IF)超3500分；2020年度江苏省科学技术二等奖：“肺癌精准医学高通量测序检测技术的创新与产业化”项目；拥有发明专利22项（其中境内20项），其中形成主营业务收入的发明专利19项
2018年，公司研发的“EGFR / ALK / ROS1 / BRAF / KRAS / HER2基因突变检测试剂盒（可逆末端终止测序法）”获得国家药监局注册审批，系国内同期首批获准上市的肿瘤伴随诊断高通量基因检测产品之一
基于ATG-Seq等液体活检技术的CALIBRATE系列多癌种围术期大型临床研究成果相继发表。2021年5月，前瞻性多中心早中期肠癌术后ctDNA MRD大型临床研究（CALIBRATE-CRC）成果发表于J Hematol Oncol（IF=23.2）；2021年9月，液体活检预测直肠癌新辅疗效的大型临床研究（CALIBRATE-RC-nCRT）成果发表于PLoS Med（IF=11.6）；2021年11月，前瞻性早中期肺癌术后ctDNA MRD大型临床研究（CALIBRATE-NSCLC）成果发表于Nature Comms（IF=17.7）；2022年5月，ctDNA预测局晚期NSCLC精准放化疗疗效大型临床研究（CALIBRATE-LC/EC-CRT）成果发表于Mol Cancer（IF=41.4）
基于MERCURY多组学液体活检技术的DECIPHER系列多癌种早筛研究成果相继发表。2021年10月，大型肠癌早筛临床研究（DECIPHER-Colon）成果发表于J Hematol Oncol（IF=23.2）；2021年12月，大型肝癌早筛临床研究（DECIPHER-Liver）成果发表于Hepatology（IF=17.3）；2022年6月，国内首个大型泛癌种早筛研究（DECIPHER-Multi）成果发表于Mol Cancer（IF=41.4）；2022年6月，大型肺癌早筛临床研究（DECIPHER-Lung）成果发表于eBioMedicine（IF=11.2）
